Ce Syndicat Intercommunal à Vocation Unique (SIVU) a été créé par les villes de Marly-le-Roi et Louveciennes en 1976 et a pour vocation la gestion du musée. Le musée est administré par un comité syndical composé de 8 élus ou personnalités : 4 de Louveciennes et de 4 élus ou personnalités de Marly-le-Roi, qui élisent l’un de leurs membres comme président.
Depuis le 1er mai 2016, le musée adhère aux Syndicats Intercommunaux de la Boucle de Saint-Germain-en-Laye qui proposent des fonctions supports mutualisées à des collectivités de petites tailles : RH, finances et gestion, juridique et marchés, technique….
Le musée du Domaine royal de Marly est labellisé « musée de France ».
Un conseil scientifique accompagne l’équipe dans sa réflexion scientifique et a ainsi participé à l’élaboration du nouveau parcours muséographique. Des représentants du Vieux Marly et des Amis du musée participent aux réunions.